STR基因座由于串联重复序列只有2~7bp，等位基因片段比较小，等位基因数目相对有限，较容易扩增，各基因座之间扩增条件基本相似；片段长度范围小，因此几个不同的基因座可以安排在同一反应管中进行扩增，这种把二个或二个以上的基因座放在同一个反应管中同时扩增，叫复合扩增。
单个STR基因座扩增等位基因数少，信息量有限，实际案件鉴定常须联合检测8~12个基因座，才能达到类似DNA指纹的同一认定水平；多个STR基因座复合扩增，明显提高了单次检测信息量，一次检测可以达到个人同一认定，但灵敏度比单基因座扩增低。例如四基因座复合扩增体系，其灵敏度为100pgDNA，低于100pg基因组DNA复合扩增时会出现一些等位基因丢失现象。
单个STR基因座扩增等位基因数少，信息量有限，实际案件鉴定常须联合检测8~12个基因座，才能达到类似DNA指纹的同一认定水平；多个STR基因座复合扩增，明显提高了单次检测信息量，一次检测可以达到个人同一认定，但灵敏度比单基因座扩增低。例如四基因座复合扩增体系，其灵敏度为100pgDNA，低于100pg基因组DNA复合扩增时会出现一些等位基因丢失现象。
不论STR的单基因座扩增还是多基因座复合扩增，PCR反应体系仍由PCR反应缓冲液、dNTPs、模板DNA、引物、DNA聚合酶即Mg2+成分组成，只是复合扩增中引物的对数相对多些。在确定复合扩增反应热循环参数时，扩增条件并不是每个基因座所特异的、最适的，故在实验设计时要考虑到各基因座间扩增效率的均衡。
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