在多个物种上的研究表明，DNA指纹图中的带是独立遗传的，1个DNA探针实际上能同时检测基因组中数十个位点的变异性。同时，在1个基因组中，用不同探针获得的DNA指纹，在很大程度上是不一样的，用几个不同的探针所获得的信息可以累加。
DNA指纹图谱的谱带包含的多态信息量很丰富，遵循孟德尔遗传规律，能共显性地稳定遗传给后代，虽然后代和双亲之间的图谱不一样，但后代的每1条都可以在双亲之一的图中找到。在家畜亲子鉴定中，主要根据后代某些遗传位点上的等位基因，能否在可能的双亲中找到，采用排除原理进行鉴定，也就是说，后代DNA指纹中的多有带纹必定来自生物学意义的父亲或母亲，如果后代DNA指纹有1条纹在待定的父亲或母亲的DNA指纹中不存在，那么至少可以确定其中一方不是该后代的亲本，照此下去，考察所有待定亲本的DNA指纹，除了生物学意义的父亲或母亲以外，其余的都将被排除，因此剩下的即被认定为“真正”的父母。分析DNA指纹的双亲鉴别的几种情况，认为DNA指纹鉴定双亲比传统的血型和生化多态性鉴定具有更大的优越性，DNA指纹技术是家畜亲子鉴定的最有效工具，在当今技术背景下，应该是最为可靠、先进的技术手段之一。
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