所谓亲子鉴定，就是根据人类遗传学的理论和实践，从子代和亲代的形态构造或生理机能方面的相似特点，分析遗传特征，对可疑的父子关系或母子关系进行分析判断，并作出肯定或否定的结论。
从国外采取的法医学鉴定方法看，传统的有血型检验，外貌特征、皮肤纹理的检验，遗传疾病的检查，耳垢的区别，味盲的检查以及受孕期、生产期的推定，物理生殖能力和生物生殖能力的推断等；目前主要采取的是DNA多肽性检验，主要包括有DNA指纹分析技术和聚合酶连反应技术（PCR）；DNA的短串联重复序列（STR）位点检测，应用的材料可以是血液、精液、组织。
采用传统的鉴定方法，否定生物学父子关系的准确率只有60%左右，而采用DNA基因鉴定技术，否定生物学亲子关系的准确率可达100%。
判断亲子关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲。因此，同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。如果鉴定结果符合这一规律，则不排除亲生关系；若不符合，则排除亲生关系（基因变异情况除外）。
在大多数情况下，母亲因为分娩可以确认母子关系为已知，要求鉴定的是假设父与孩子是否具有亲生关系。此时，首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自生父的基因（OG），然后比较假设父基因中是否具有生父基因，如果具有，则不排除假设父的亲生关系；若不具有，则可以排除假设父的亲生关系。
对于这一亲子鉴定的原理，我们不妨举例来加以说明：若某案例中母亲是FGA-22/23型，孩子为22/25型，从比较中可以确定生父基因为FGA-25。在这案例中，假设父2为FGA-22/24型，假设父1为FGA-24/25型，其中假设父1具备生父基因FGA-25，故不能排除其与孩子的亲子关系；相比较而言，假设父2因不具有生父基因FGA-25，则完全可以排除其与孩子的亲子关系。
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