1985年，英国遗传学家Alec Jeffreys建立了DNA指纹技术，并用它成功地进行了第一起移民案件涉及的亲子鉴定。这宗亲子鉴定开辟了法医物证DNA分析的先河，在个体同一认定和亲子鉴定上实现了从否定、排除到认定的质的飞跃，使生物物证鉴定进入了新的纪元，为刑事侦查、司法审判提供了有力的证据。那么，亲子鉴定的基本原理是什么呢？
亲子鉴定的基本原理有以下两点：
①在肯定孩子的某个等位基因是来自生父，而被控父亲（AF）并不带有这个基因的情况下，可以排除他是孩子的生父。检查的遗传标记越多，非生物学父亲被排除的概率就越大。
②在肯定孩子的某些等位基因是来自生父，而AF也带有这些基因的情况下，不能排除他是孩子的生父。这时可以计算如果判断他是孩子生父，理论上的把握度究竟有多大。
在一个家庭中，遗传规律可概括为：
①孩子不可能带有双亲均无的等位基因。
②孩子必定得到双亲各方的一对等位基因中的一个。
③除了在双亲都带有相同基因（如A）的情况下，孩子不可能带有两个相同基因（AA）。
④某个基因在双亲中的一方或双方为纯合子时（AA），必定要在孩子中表现出来（A）。
⑤对于父系遗传的Y-染色体的标记，子代的分型必定与父亲的分型一致，而且同一父系的所有个体的分型一致。
⑥对于母系遗传的线粒体DNA,子代的分型必定与母亲的分型一致，而且同一母系的所有个体的分型一致。
双等位基因遗传标记亲子鉴定的基本遗传原理可以推广到多个等位基因的遗传标记，如STR系统。
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